Group of Computational&Comparative,Evolutionary and Functional Genomics(CEFG)

Feng-Biao Guo

English resume

教授课程:数据挖掘,生物信息学,基因组信息学(研究生)

学科方向:生物信息学专业,方向为微生物计算、比较、进化与功能基因组学

教育背景:

1996年9月-2000年7月,天津大学应用物理系应用物理专业,获理学学士;
2000年9月-2003年1月,天津大学理学院生物信息中心(Tubic),获理学硕士;
2003年3月-2006年1月,天津大学理学院生物信息中心(Tubic),获理学博士

工作经历:
2006年1月-2008年8月,电子科技大学生命科学与技术学院,讲师;
2008年9月-2010年11月,电子科技大学生命科学与技术学院,副教授,硕士生导师;
2010年12月-2014年7月,电子科技大学生命科学与技术学院,副教授,博士生导师;
2014年8月至今,电子科技大学生命科学与技术学院,教授,博士生导师;
2012年1月至2013年8月,香港大学微生物系,香江学者。

学术简介:
教授,博士,博导,新世纪优秀人才。2000年9月至2006年1月在天津大学张春霆院士指导下攻读生物信息学博士学位。06年1月至今在电子科技大学工作。目前研究方向为微生物计算、比较、进化及功能基因组学,总称为微生物基因组信息学。其中计算基因组学方面主要包括预测功能重要的蛋白质编码基因,比较基因组学主要指通过基因组间或组内的研究获得新颖的现象或规律,进化基因组学主要调查替代或自发突变的决定因素,功能基因组学则是通过代谢网络构建及通量分析方法研究特定蛋白在代谢子网络中所起的功能。主持多项国家级及省部级科研项目,入选教育部新世纪优秀人才支持计划,入选香江学者计划,入选学校百人计划,排名第一获得四川省科技进步奖,获得霍英东青年教师奖。担任中国细胞生物学会功能基因组信息学与系统生物学专委会委员,担任中国运筹学会计算系统生物学专委会委员。担任Nature出版社Scientific Reports编委,担任国际SCI刊物Current Bioinformatics编委。不定期担任Nucleic Acids Research、Briefings in Bioinformatics、Oncotarget、Oncology Letters、Bioinformatics、Scientific Reports、Plos One、Biochimie、FEBS Letter、Microbiology(SGM)、BMC Microbiology、Frontiers in Microbiology、Research in Microbiology、Integrative Biology、Molecular Biosystems、Current Genomics、Current Bioinformatics、Journal of Theoretical Biology、Neurocomputing、BioSystems、Evolutionary Bioinformatics、Journal of Biomolecular Structure and Dynamics、IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics、International Journal of Endocrinology、Computational and Mathematical Methods in Medicine、Abstracts and Applied Analysis、Biomedical Research International、Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences、 World Journal of Microbiology and Biotechnology、African Journal of Microbiology Research、Microbial Informatics and Experimentation、International Journal of Bioinformatics Research and Applications、Annual Review & Research in Biology、ISRN Computational Biology、Journal of Applied Bioinformatics & Computational Biology、Journal of Bacteriology and Mycology等国外期刊的通讯审稿人。多次为ICIC(智能计算国际会议)审稿,长期担任中国科技论文在线的通讯审稿人。至今已在Molecular Biology and Evolution、Nucleic Acids Research、Briefings in Bioinformatics等杂志发表SCI论文57篇,累计影响因子超过200点,其中中科院分区一区论文5篇(第一或通讯作者)。这些论文被SCI论文引用超过700次,其中他引约500次。

奖励荣誉:
2003年,第二届天津大学学生科学奖,天津大学;
2004年,第七届谈家桢生命科学奖学金一等奖,复旦大学及杭州九源基因公司;
2008年,全国优秀博士学位论文提名及天津市优秀博士学位论文,教育部、天津市;
2010年,电子科技大学青年教师学术新人奖,电子科技大学;
2011年,教育部新世纪优秀人才,教育部;
2012年,香江学者奖,香港学者协会&中国博士后管理委员会;
2012年,第十三届霍英东青年教师奖三等奖,霍英东教育基金会;
2013年,“基因与蛋白质生物信息学研究中的新算法与新发现”获四川省科技进步奖三等奖(理论学科组),排名第1,四川省人民政府;
2014年,入选电子科技大学百人计划。

会议报告及学术任职:
2006年10月,成都,中国遗传学会功能基因组学研讨会,大会报告;"The Distribution Patterns of Bases of Protein-coding Genes, Non-coding ORFs, and Intergenic Sequences in Pseudomonas aeruginosa PA01 Genome and its Implications“;
2007年9月,天津,天津大学-北洋大学生物信息中心学术研讨会,报告;"细菌基因组内复制链相关的密码子使用分离";
2011年4月,大连,第二届国际DNA和基因组学活动周,分会场主席并作分会场报告;"基因组群及细菌寄主之间的协同进化";
2011年6月,成都,ICCSIT(第四届IEEE计算机科学与信息技术国际会议),口头报告;"Predict genoimc islands in Bacillus cereus genome by using quadratic divergence segmentation algorithm";
2011年10月,上海, CET(World Congress on Engineering and Technology)技术程序委员会成员;
2012年5月,在线,TM’s 1st World Genetics & Genomics Online Conference,分会场报告;"Chromosome translocation and its consequence in the genome of Burkholderia cenocepacia AU 1054";
2013年12月,2013年中国生物医学工程联合学术年会,成都,生物信息学分会场共同主席;
2014年5月,在线,TM’s 1st World Genetics & Genomics Online Conference,分会场报告;
Geptop: A self-training online and standalone tool to automatically predict essential genes in sequenced b acterial genomes w ith high accuracy ;
2014年10月,第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会,南京,分会场报告:一个自发突变在线资源库及其应用;
2014年10月,The 8th International Conference on Systems Biology and the 4th Translational Bioinformatics Conference (ISB/TBC 2014),青岛,英文分会场报告;SMAL: A Resource of Spontaneous Mutation Accumulation Lines;
2014年11月,第三届基于高性能计算的生物医药应用研讨会,广州,生物信息学分会场邀请报告兼分会主席,联合实验室进化及高通量测序调查基因组突变;
2015年4月,电子科大图书馆168人报告厅:必需基因预测的三种理论模型;电子科大数据研究热点问题交流会;
2015年5月,珠海,生物信息学与系统生物学前沿研讨会,报告:必需基因理论预测工具及应用;
2015年7月,新疆,生物医药定量决策科学研讨会,报告:A more reliable and complete bacterial minimal gene set and its implications on selecting antibacterial drug targets as well as designing platform cell for biotechnological applications.
2015年10月,新乡,中国化学会第十届全国磷化学化工学术讨论会暨空间生命起源与进化专委会年会,邀请报告兼分会主席:Bring a blueprint of bacterial life with a novel minimal gene set and its implication on model of LUCA.
2014年1月至今,担任Nature出版社期刊Scientific Reports编委;
2014年2月至今,担任国际SCI期刊Current Bioinformatics编委;
2011年,担任国际SCI刊物Current Genomics的客座编辑;
2012年,担任国际SCI刊物Current Bioinformatics客座编辑;
2012年底至今,国际刊物ISRN Computational Biology编委会成员;
2013年初至今,国际刊物Chinese Journal of Biology编委会成员;
2014年10月至今,担任中国细胞生物学会功能基因组信息学与系统生物学专委会委员;
2015年8月至今,担任中国运筹学会计算系统生物学专委会委员;
2011年至今,中国遗传学会会员;
2009年至今,NAR、Bioinformatics、Microbiology-SGM, BMC Microbiology、Biochimie, JTB、JBSD、BioSystems等30种国外SCI期刊的通讯审稿人。

主持项目:
教育部新世纪优秀人才支持计划,NCET-11-0059,人类致病菌必需基因的预测、确定及药靶优选,2012-2014
国家自然科学基金应急管理项目:31642002。第七届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学与精准医学前沿研讨会,2016.04-2016.10
国家自然科学基金面上项目:31470068,基于集成模型的细菌必需基因识别算法研究及应用,2015-2016
国家自然科学基金面上项目,31071109,专性胞内菌复制链极端组成偏差的分析及其内在机制的研究,2011-2013
国家自然科学基金青年基金,60801058,基于序列特征和统计判别方法发展细菌必需基因识别算法及软件,2009-2011
四川省青年科技基金,2014JQ0051,人类致病菌功能重要基因的预测与最小基因集的构建,2014-2016
中央高校基本科研业务费,ZYGX2009J082,流行性脑膜炎防治药物及疫苗的靶标基因预测,2010-2011
教育部博士点基金新教师课题,20070614011,细菌基因组内密码子使用分离的研究,2008-2010
四川省科技厅应用基础研究课题,2008JY0053,多种人类细菌传染病防治药物及疫苗靶标的预测,2008-2009
香江学者支持计划及全国博士后特别资助,201104687,细菌、酵母及病毒基因组的计算机分析与比较基因组学研究, 2012-2013
电子科技大学校青年基金面上项目,JX0643,原核生物基因组不对称性的研究,2007-2008

作为第一作者或通讯作者发表的主要SCI论文(*代表通讯作者)
1. Wei W, Gao F, Du MZ, Hua HL, Wang J, Guo FB*(2016) Zisland Explorer: detect genomic islands by combining homogeneity and heterogeneity properties. Briefings in Bioinformatics . doi:10.1093/bib/bbw019.
2.Ye YN, Ma BG, Dong C, Zhang H, Chen LL, Guo FB*(2016) A novel proposal of a simplified bacterial gene set and the neo-construction of a general minimized metabolic network. Sci Rep. 6:35082. [
3.Wei W, Jin YT, Du MZ, Wang J, Rao N, Guo FB*(2016) Genomic complexity places less restrictions on the evolution of young coexpression networks than protein - protein interactions. Genome Biol Evol. 8(8):2624-31.
4.Dong C, Yuan YZ, Zhang FZ, Hua HL, Ye YN, Labena AA, Lin H, Chen W, Guo FB*(2016) Combining pseudo dinucleotide composition with the Z curve method to improve the accuracy of predicting DNA elements: a case study in recombination spots. Mol Biosyst. 12(9):2893-900.
5.Hao GF#, Jiang W#, Ye YN, Wu FX, Zhu XL, Guo FB*, Yang GF*(2016) ACFIS: a web server for fragment-based drug discovery.Nucleic Acids Res. 44(W1):W550-6.
6. Hua ZG, Lin Y, Yuan YZ, Yang DC, Wei W, Guo FB* (2015) ZCURVE 3.0: identify bacterial genes with higher accuracy as well as automatically and accurately select essential genes. Nucleic Acids Res 43(W1):W85-90. (IF>9)
7. Guo FB*, Ye YN, Ning LW, Wei W (2015) Three computational tools for predicting bacterial essential genes. Methods in Molecular Biology. 1279:205-217.
8. Wei W, Ning LW, Ye YN, Li SJ, Zhou HQ, Huang J, Guo FB* (2014) SMAL: A resource of spontaneous mutation accumulation lines. Mol Biol Evol. 31(5): 1302-1308. (IF> 10).
9. Wei W, Ye YN, Luo S, Deng YY, Lin D, Guo FB* (2014) IFIM: a database of integrated fitness information for microbial genes. Database. 2014: bau052.
10. Zhou HQ, Ning LW, Zhang HX, Guo FB* (2014) Analysis of the relationship between genomic GC Content and patterns of base usage, codon usage and amino acid usage in prokaryotes: similar GC content adopts similar compositional frequencies regardless of the phylogenetic lineages. PLoS One. 9(9):e107319.
11. Guo FB, Lin Y, Chen LL* (2014) Recognition of protein-coding genes based on Z-curve algorithms. Current Genomics. 15(2): 95-103.
12. Guo FB*. (2014) Editorial [Hot Topic]: Predict various types of genes in prokaryotic and eukaryotic genomes. Curr Bioinform. 13(1): 2-3.
13. Ye YN, Hua ZG, Huang J, Rao N, Guo FB*. (2013) CEG: a database of essential gene clusters. BMC Genomics. 14: 769.
14. Wei W, Ning L-W, Ye Y-N, Guo F-B* (2013) Geptop: A Gene Essentiality Prediction Tool for Sequenced Bacterial Genomes Based on Orthology and Phylogeny. PLoS ONE, 8(8): e72343.
15. Wei W, Zhang T, Lin D, Yang ZJ, Guo FB* (2013) Transcriptional abundance is not the single force driving the evolution of bacterial proteins. BMC Evol Biol, 13:162.
16. Lin D, Yin X, Wang XL, Zhou P and Guo FB* (2013) Re-annotation of protein-coding genes in the genome of Saccharomyces cerevisiae based on Support Vector Machines. PLoS One, 8(7):e64477.
17. Guo FB, Xiong L, Teng JL, Yuen KY, Lau SK, Woo PC*. (2013) Re-annotation of protein-coding genes in 10 complete genomes of neisseriaceae family by combining similarity-based and composition-based methods. DNA Res, 20(3):273-86.
18. Guo FB*, Ye YN, Zhao HL, Lin D, Wei W. (2012) Universal pattern and diverse strengths of successive synonymous codon bias in three domains of life, particularly among prokaryotic genomes. DNA Res,19(6):477-85
19. Guo FB* (2012) Editorial [Hot Topic: Replicating strand asymmetry in bacterial and eukaryotic genomes]. Curr Genomics, 13(1), 2-3.

20. Guo FB* and Wei W. (2012) Prediction of genomic Islands in three bacterial pathogens of pneumonia. Int J Mol Sci, 13(3), 3134-3144.
21. Guo FB*, Ning LW, Huang J, Lin H, Zhang HX. (2010) Chromosome translocation and its consequence in the genome of Burkholderia cenocepacia AU-1054. Biochem Biophys Res Commun, 403(3-4):375-9.
22. Guo FB*, Lin H, Huang J. (2009) A plot of G + C content against sequence length of 640 bacterial chromosomes shows the points are widely scattered in the upper triangular area. Chromosome Res, 17(3):359-64.
23. Guo FB* (2009), Yuan JB. Codon usages of genes on chromosome, and surprisingly, genes in plasmid are primarily affected by strand-specific mutational biases in Lawsonia intracellularis. DNA Res, 16(2):91-104.
24. Guo FB*, Yu XJ. (2007) Separate base usages of genes located on the leading and lagging strands in Chlamydia muridarum revealed by the Z curve method. BMC Genomics, 8:366.
25 Guo FB*, Yu XJ. (2007) Re-prediction of protein-coding genes in the genome of Amsacta moorei entomopoxvirus. J Virol Methods, 146(1-2):389-392.
26. Guo FB, Zhang CT*. (2006) ZCURVE_V: a new self-training system for recognizing protein-coding genes in viral and phage genomes. BMC Bioinformatics, 7:9.
27. Guo FB, Wang J, Zhang CT*. (2004) Gene recognition based on nucleotide distribution of ORFs in a hyper-thermophilic crenarchaeon, Aeropyrum pernix K1. DNA Res, 11(6):361-370.
28. Guo FB, Ou HY, Zhang CT*. (2003) ZCURVE: a new system for recognizing protein-coding genes in bacterial and archaeal genomes. Nucleic Acids Res, 31(6):780-1789.

联系方式
地 址:中国四川省成都市成华区建设北路2段4号电子科技大学生命科学与技术学院
电 话:028-83202351;
邮 箱: fbguo@uestc.edu.cn
网站主页: http://cefg.uestc.edu.cn/